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L'applicazione GIS di MapWindow è un sistema informativo geografico (GIS) libero e open source estensibile, che può essere usato come un GIS desktop alternativo open-source, per distribuire dati ad altri, o per sviluppare e distribuire strumenti di analisi dei dati spaziali personalizzati.
L'app include funzioni standard di visualizzazione dei dati GIS, nonché la modifica di tabelle di attributi DBF, la modifica di Shapefile e convertitori di dati. MapWindow GIS supporta decine di formati GIS standard, tra cui Shapefiles, GeoTIFF, ESRI ArcInfo ASCII e griglie binarie.
L'interfaccia è abbastanza standard e non è difficile da navigare. Il layout predefinito include un'area della mappa, un riquadro di legenda e un riquadro di anteprima della mappa. Inoltre ci sono anche pulsanti integrati nella barra degli strumenti che permettono di creare, salvare e aprire i file di progetto, navigare e stampare la mappa.
Gli strumenti di navigazione includono funzioni come pan, zoom-in, zoom-out, zoom-to-selezionato, zoom-to-selezionato, zoom-to-full-extents. C'è anche un pulsante della barra degli strumenti per aggiungere e rimuovere i livelli di dati dalla mappa, ed anche uno strumento di 'selezione'.