Un système de visualisation moléculaire véritablement open source créé par l'équipe PyMOL
PyMOL (pleomorphic analysis methodology) est un logiciel développé par Warren Lyle Delano. PyMOL a d'abord été commercialisé par DeLano Scientific LLC, une société privée de logiciels qui se consacre au développement d'outils utiles pour les communautés scientifiques et éducatives du monde entier. Il est basé sur les mêmes méthodologies d'analyse pyromorphique utilisées dans le domaine de la biologie structurelle. Ce type d'analyse est utilisé pour caractériser différentes substances organiques et inorganiques avec l'utilisation d'instruments sensibles.
À ce jour, ce produit est largement utilisé en biologie structurelle, en astronomie et dans d'autres domaines. De nombreuses institutions, notamment le Jet Propulsion Laboratory (JPL), la NASA et l'université de Californie à Berkeley, utilisent PyMOL. L'objectif premier des fondateurs de PyMOL était de développer des logiciels libres pour l'analyse de divers types de molécules et d'atomes organiques. Depuis sa création, le programme a été modifié et adapté pour de larges applications dans de nombreux domaines, notamment la chimie, l'astronomie, l'informatique et les sciences pharmaceutiques. De nombreuses autres universités et écoles supérieures ont également adapté PyMOL pour de larges applications dans leurs propres installations de recherche. Il y a deux composants clés de ce paquet open-source qui le distingue des autres outils et solutions logicielles open-source disponibles sur le marché.
Le premier élément de PyMOL est le fait qu'il s'agit d'un système de visualisation de molécules open source créé et développé par une équipe renommée de scientifiques et d'ingénieurs de DeLano Scientific LLC. PyMOL a fait l'objet de licences pour répondre aux besoins des communautés scientifiques et éducatives, notamment l'Office of Scientific and Engineering Research (OSER) du ministère de l'Énergie, les National Institutes of Health (NIH) et les Defense Advanced Research Projects (DARPA). Un autre élément important du logiciel de visualisation moléculaire open source est qu'il est compatible et accessible via le Common Gateway for Educational Software (CAGE), un référentiel en ligne géré par l'Agence américaine pour le développement de l'éducation et de la recherche (UREA). Étant donné que PyMOL est accessible sur plusieurs plates-formes, notamment Windows, Linux, UNIX et Solaris, il est très pratique à mettre en œuvre et à utiliser pour les établissements d'enseignement.
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