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增强子的工作方式类似于生物学中使用启动子的方式。与调控元件结合的增强子改变了特定基因转录发生的几率。增强子还可以调节其他调节元件的活性，例如增强子和调节过渡区，它们有时协同作用以帮助调节性状。通常，增强子与多个其他序列有一个共有序列，这些序列对于使其正确发挥功能并以最适合生物体的方式发挥作用很重要。

最常见的情况是，增强子会与至少一个可以协同作用以促进目标基因的调控元件配对。这种概括有一些例外，尽管包括计算机预测的概念，即使用氨基酸碱基对来预测哪些增强子将发挥作用。还有一些调节元件的例子，它们参与产生鼓励增强子发挥作用的信号。还有许多其他交互组件的示例，它们正在协同工作以促进所需的特征。为了使用增强子，了解不同类型的序列以及它们如何相互作用非常重要，这将在以后的文章中进一步详细研究。